海域经济发展与陆海统筹的关系。坚持“以海定陆”为原则统筹海岸带区经济空间布局和资源配置，实现海域经济与海岸带经济的协调发展。
统筹用、用海、用岛政策，同土政策一样，把用海用岛政策纳入国家宏观调控体系；统筹陆海基础设施建设，做好多式联运提高综合效益；统筹海水淡化和水资源供给，将海水淡化纳入国家和区的水资源供给体系；统筹陆域与海域能源勘探开发，尽快转变对陆域矿资源和近海油气资源“吃干榨净”的做法，坚持海域油气资源“储近用远”，加强海上风电布局管理；统筹海域与陆域科研资源，使陆域先进科学技术最大限度应用到海域经济，实现“引陆下海”。
海域经济发展与生态环境保护的关系。严守生态功能基线、环境安全底线，健全海域生态环境动态监测和监管机制，完善海域生态环境保护责任追究、损害赔偿和生态保护补偿制度。践行“绿水青山就是金山银山”的理念，推广低碳、循环、可持续的海域经济发展模式，积极推进海域生态产品价值实现，将海域生态优势不断转化为海域生态农业、生态工业、生态旅游等经济优势。
海域经济发展与海域资源开发利用的关系。健全海域自然资源资产监管体系，坚决避免海域自然岸线大量破坏、海域空间无序占用等不可持续的开发利用行为。优化海域资源配置，加强海域资源开发利用总量、时序和结构的科学合理安排，健全海域资源有偿使用制度、价格形成机制和收益分配制度，提升海域资源利用效率和效益。
海域经济管理中政府和市场的关系。海域经济管理部门要正确履行宏观调控、市场监管、公共服务和保护环境等职能，既充分发挥宏观政策在海域经济中平衡总量、优化结构、防范风险和稳定预期的作用，但也不能频繁施策、削弱市场决定性作用。要减少对海域资源型产品价格的干预，凡是能由市场形成价格的都交给市场，防止供求失衡。要为市场发展提供保障，推动建立海域产权交易服务平台、信息共享平台、科技成果转化平台等，实现海域各类资源与要素的市场化配置。
海域经济发展中部门与方的关系。统筹协调发展改革、财政金融、自然资源、生态环境、农业农村、交通运输、工业和信息化、科学技术、国际合作等涉海主管部门，形成政策合力，提出切实促进海域经济高质量发展的政策创新举措。理顺中央和方的事权与责任，明确对各级政府的工作部署要求，确保各项措施落到实处。方要结合自身海域经济基础和资源禀赋，各有侧重、因制宜推动自身海域经济高质量发展，形成“中央宏观把握，方各具特色”的良好局面。
海域经济发展整体与局部的关系。围绕新时期高质量发展的要求，立足海域经济整体发展，提升海域在国家发展全局中的战略位，制定全面覆盖海域经济各个行业、部门、社会群体的发展规划。在局部的发展和探索中吸取有益的示范经验，加强海域经济发展示范区和创新示范城市的统筹管理和政策协调，真正发挥试点示范的作用，通过局部先行先试引领整体的进步提高。
国内与国际的关系。统筹国际和国内两个大局，持续推进21世纪海上丝绸之路建设，加强海上互联互通，与沿线国家共同打造开放、包容、均衡、普惠的海域经济合作架构，建立完善海域经济国际合作平台和机制，拓展蓝色经济伙伴关系，提高我国海域经济发展理念的国际影响力。坚持“走出去”和“引进来”并重，高效利用全球资源，推进海域领域国际产能合作、技术输出和国际高精尖技术引进，推动海域产业迈向全球价值链中高端，在全面开放新格局中实现海域经济高质量发展。