当前，我国海域经济发展正处于向高质量发展的战略转型期。多年来，海域经济快速增长，其总量已占到国民经济总量的十分之一左右，是拉动国民经济的增长极。同时也要清醒地看到，海域经济发展中面临着诸多不充分、不协调、不可持续的问题，这些问题集中体现在科技创新不足、开发方式粗放、协调和公共服务能力不足三个方面。
科技创新不足制约了海域经济高质量发展。
海域产业关键技术自给率低，国产化水平不够高。产学研合作机制不畅，成果转化率不够高。配套政策不完善导致创新动力不足，企业研发热情不够高，鼓励自主创业健康发展的环境尚未全面形成。与海域经济发展密切相关的基础领域研究水平不够高，在深水、绿色、安全、药物等海域高技术领域的研究水平与国际先进相比尚有较大差距。
开发方式粗放阻碍了海域经济高质量发展。近海过度捕捞导致生态系统退化，生物资源衰退，渔获低值化问题比较明显。近岸粗放式用海造成自然岸线减少，空间资源趋紧。沿海产业低质同构现象普遍存在。大部分沿海地区产业规划布局大同小异，沿海重工业、港口布局还存在高密度、低效率的“怪相”，大量以消耗海域资源环境为代价建设的产业新城、产业园区处于荒弃或低效运行状态。用海矛盾突出增加了海域生态安全风险，海域生态安全风险日益增大。
协调和公共服务能力不足约束了海域经济高质量发展。陆海空间功能布局、基础设施建设、资源配置等协调不够，土地和海域使用政策衔接不畅。港区集运、临港产业园区和城市居民生活区布局混杂交织，影响城市环境和居民生活质量，也带来潜在的安全风险。
区域间海域经济发展产业链、资金链、技术链缺乏统筹协调，地方保护主义现象依然存在。政府在海域资源资产价值评估、海域产权交易、海域数据服务、企业信息对接平台等领域仍需要开拓创新，为海域经济营造更加顺畅的发展环境，减少因企业间、政企间和银企间信息不对称带来的问题。